L' attuale struttura risale al 1585 opera dei frati Fracescani Cappuccini che ampliarono l'antica chiesa dedicata alla Madonna di Loreto.

A Quisisana, dove furono edificati la chiesa e il convento di San Francesco, esisteva una chiesa dedicata alla Madonna di Loreto, attestata già nel 1514. Nel 1585 alcuni gentiluomini stabiesi decisero di far giungere in città i Francescani Cappuccini, facendo così acquistare al comune quel territorio sul quale i frati fecero costruire una nuova chiesa e un convento. Il 21 settembre dello stesso anno si pose la prima pietra della chiesa che fu dedicata a Santa Maria di Loreto. Nel 1654 il convento fu ristrutturato e ingrandito. Nel secolo XIX la chiesa e il convento subirono diversi danni dovuti agli editti napoleonici di soppressione degli ordini Religiosi.