Edificato nel XVI secolo; nel corso dei secoli è stata adibita a carcere, pretorio, la casa del Governatore. Dal 1820, con alterne vicende, è sede del Municipio.

Il Palazzo è posto fra via Coppola ed un edificio signorile e presenta un elegante fronte a tre livelli con un portale ad arco. Nel 1566 Ottavio Farnese, signore di Castellammare decise di donare alla città un luogo adeguato per la sede della Corte del Governatore: la scelta cadde su un caseggiato ad un piano situato nell'attuale Piazza Giovanni XXIII. La famiglia Farnese confluì in quella dei Borboni e nel 1769 il popolo stabiese chiese al re Ferdinando IV di acquistare il Palazzo Farnese. Il palazzo, restaurato, ospitò il pretorio, il carcere civile e criminale, la casa del Governatore; nel 1793 fu, invece, costruita una cappella per i reclusi. Con l'abolizione degli ordini religiosi, la proprietà dei francescani, convento e giardino, passò al comune che vi trasferì nel 1820 la sede dell'Amministrazione comunale e, nel 1871, su progetto dell'architetto Luigi d'Amora, il palazzo fu ingrandito e abbellito; il secondo piano venne costruito soltanto agli inizi del '900 con una piccola torre laterale. Gli uffici comunali furono trasferiti nell'edificio nel 1964, poi abbandonato nuovamente. Nel 1980 furono eseguiti lavori di ristrutturazione e il palazzo fu ridestinato a Municipio.